No uso médico combina-se uma mistura de Oxigénio e Ozono  denominado Ozono Médico em que o Ozono ( O3 ) se encontra presente em concentrações (1 a 80 microgramas/mililitro) 30 vezes inferiores com o respectivo uso industrial.

As concentrações superiores a 2 microgramas / litro são tóxicas por via inalatória. A ausência de efetividade sistémica das concentrações menores que esta cifra e o elevado risco de complicações levou à proibição da sua utilização por via inalatória. Por este motivo, o Ozono Médico não é considerado como Gás Medicinal.

As concentrações superiores a 100 microgramas/ml são tóxicas por via parenteral, aumentando as possíveis complicações. Os diferentes tecidos têm um nível máximo de toxicidade que depende das propriedades antioxidantes dos mesmos.

Em concentrações ideais de Ozono Médico, demonstrou-se ausência de efeitos teratogénicos e cancerígenos em animais de experimentação e em pacientes humanos voluntários. Igualmente verificou-se ausência de complicações em diversos estudos clínicos à excepção dos referenciados com má prática clínica médica.  Daí a importância de seguimento de protocolos clínicos terapêuticos adequados, nomeadamente os constantes na Declaração de Madrid.